Shora uvedená změna zákona o dani z přidané hodnoty, tj. aplikace režimu přenesení daňové povinnosti ve smyslu § 92a zákona o dani z přidané hodnoty se nijak nedotýká oprávnění či vyloučení možnosti příjemců dotací hradit z poskytnutých prostředků daň z přidané hodnoty (dále jen „DPH“), neboť uvedená změna se upravuje pouze postup při samotném přiznání a placení DPH za uskutečněná zdanitelná plnění podle §§ 92b, 92c, 92d, 92e zákona o dani z přidané hodnoty. I nadále platí, že oprávnění či zákaz úhrady daně z přidané hodnoty z poskytnutých dotací je stanoven právními předpisy, na jejichž základě byly příslušné peněžní prostředky poskytnuty, a dále konkrétními rozhodnutími, dohodami, či smlouvami o jejich poskytnutí.

K výše uvedené problematice dále Ministerstvo financí uveřejnilo ve Zprávách MF č. 5/2011 pod č.j. 12/102 397/2011 – 123 postup příjemců dotací ze státního rozpočtu při jejich čerpání prostřednictvím k tomu zřízených účtů u pověřené banky UniCredit Bank (dále jen „Banka“) v případě režimu přenesení daňové povinnosti a postup účtování a vykazování DPH v režimu přenesení daňové povinnosti pro územní samosprávné celky, dobrovolné svazky obcí a regionální rady regionů soudržnosti.

I přes výše uvedené však nelze ve výjimečných případech zcela vyloučit možnost nesouladu zákonem stanovených postupů s podmínkami rozhodnutí, dohod nebo smluv o poskytnutí dotací vydaných či uzavřených před nabytím účinnosti zákona č. 47/2011 Sb., kterým se mění zákon č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty. S ohledem na to Generální finanční ředitelství sděluje, že v rámci výkonu správy odvodů za porušení rozpočtové kázně, postup příjemců dotací podle § 92a zákona o dani z přidané hodnoty není možné posuzovat jako porušení rozpočtové kázně ve smyslu ustanovení § 44 odst. 1 písm. b) zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech.