Daňový subjekt (právnická osoba) vznikl 22. 6. 1993. Předmětem činnosti daňového subjektu byl od počátku nákup, prodej a skladování paliv a maziv a provozování čerpacích stanic s palivy a mazivy. Daňový subjekt je plátcem daně z přidané hodnoty od 15. 7. 1993. V současnosti se daňový subjekt nachází v insolvenci. Dne 16. 4. 2009 zahájil správce daně u tohoto daňového subjektu daňovou kontrolu na dani z přidané hodnoty (dále jen „DPH“). Dle kontrolních zjištění byly obchody s palivy a mazivy v kontrolovaných zdaňovacích obdobích v letech 2007, 2008 a 2009 uskutečňovány pouze na území České republiky.

V roce 2007 daňový subjekt tuto svou činnost realizoval formou nákupu a následného prodeje dalším odběratelům v rámci volného daňového oběhu zboží na území České republiky. Nákupní i prodejní cena pohonných hmot zahrnovala spotřební daň. Daňový subjekt dodržoval ustanovení §36 odst.3 písm.b) ZDPH a při fakturaci prodeje pohonných hmot spotřební daň zahrnoval do základu DPH.

Od srpna 2008, kdy byl ustanoven nový jednatel, který je i jediným společníkem s.r.o., byla podávána daňová přiznání s vysokými přijatými a uskutečněnými plněními proti předcházejícím zdaňovacím obdobím v řádech stamiliónů korun a minimální daňovou povinností v řádu tisíců korun. S pohonnými hmotami bylo obchodováno výše popsaným způsobem, daňový subjekt v těchto zdaňovacích obdobích neporušil ustanovení §36 odst.3 písm.b) ZDPH a při fakturaci prodeje pohonných hmot spotřební daň zahrnoval do základu daně z přidané hodnoty. Jediným dodavatelem benzinu a motorové nafty byla akciová společnost A a jediným odběratelem společnost s ručením omezeným (se sídlem v Praze). Daňový subjekt vystavoval daňové doklady, na nichž byla uvedena spotřební daň včetně DPH ze spotřební daně.

Obchody v režimu volného daňového oběhu na území České republiky daňový subjekt provozoval pouze do doby, než získal oprávnění vstupu do daňového skladu, provozovaného dodavatelem - akciovou společností A. Skladovací systém dodavatele má statut daňového skladu ve smyslu ustanovení § 3 písm. f) zákona č.353/2003 Sb., o spotřebních daních, ve znění platných právních předpisů (dále jen „ZSD“), v němž jsou vybrané výrobky umístěny pouze v režimu podmíněného osvobození od spotřební daně dle §19 odst.4 ZSD s výjimkami uvedenými v § 19 odst. 5, odst. 7 ZSD a § 59 odst.3 ZSD.

Dne 17. 9. 2008, daňový subjekt uzavřel Smlouvu o poskytování služeb při nakládání s minerálními oleji (dále jen „Smlouva“), s dodavatelem, akciovou společností A - provozovatelem daňového skladu, na základě které dodavatel umožňuje daňovému subjektu naskladnit v některém z expedičních míst určené druhy pohonných hmot do svého skladovacího systému a na žádost daňového subjektu stejné množství zboží stejného druhu v některém z expedičních míst daňovému subjektu vyskladnit. Obchodování v daňovém skladu dodavatele dle této Smlouvy začalo probíhat od října 2008.

Ve zdaňovacích obdobích říjen 2008, listopad 2008 a prosinec 2008 daňový subjekt nakupoval pohonné hmoty od dodavatele - akciové společnosti A a akciové společnosti B. Obchodování s oběma těmito dodavateli se odehrávalo v podmínkách daňového skladu a tedy v režimu podmíněného osvobození od spotřební daně dle §19 odst.1 písm. a) a §19 odst. 4 ZSD. Pohonné hmoty prodané daňovému subjektu fyzicky zůstávaly v daňovém skladu.

Protože šlo o obchod v rámci daňového skladu, při kterém nedocházelo k vynětí z daňového skladu, dodavatelé daňovému subjektu účtovali cenu pohonných hmot bez spotřební daně v souladu s ustanovením § 41 odst.3 ZDPH v návaznosti na ustanovení § 36 ZDPH, tj.základ daně z přidané hodnoty se stanoví bez zahrnutí spotřební daně. Při těchto transakcích se jednalo o dodání zboží dle ustanovení § 13 ZDPH, které probíhalo mezi dvěma plátci DPH v režimu podmíněného osvobození od spotřební daně dle § 3 písm. d) ZSD.

Daňový subjekt tyto pohonné hmoty nakoupené v režimu daňového skladu prodával již zmiňované společnosti s ručením omezeným se sídlem v Praze. Tato společnost vznikla 21. 3. 2008 (tj. ve stejnou dobu, kdy došlo ke změně vlastnické struktury u daňového subjektu). Na DPH vykazovala stamiliónové obraty a pro místně příslušného správce daně byla nekontaktní. V tomto případě se již nejednalo o obchodování v rámci daňového skladu, tj. v podmínkách podmíněného osvobození od spotřební daně, ale o transakci, která probíhala v rámci volného daňového oběhu. Obchodování v rámci volného daňového oběhu muselo předcházet vynětí pohonných hmot z daňového skladu a jejich uvedení do volného oběhu dle ustanovení § 3 písm. j) bodu 1. ZSD.

Proces vynětí z daňového skladu je podrobně popsán ve Smlouvě, kterou daňový subjekt uzavřel s dodavatelem - akciovou společností A dne 17. 9. 2008. Zboží se považuje za vyskladněné ze skladovacího systému v okamžiku jeho načerpání do cisterny. Dodavatel - akciová společnost A se zavazuje klientovi vydat skladované zboží v příslušném expedičním místě a to na základě příkazu k vyskladnění zboží. Příkaz k vyskladnění zboží je oprávněna vystavit a zaslat osoba oprávněna k vyskladnění, zapsaná v seznamu oprávněných osob, který je nedílnou součástí Smlouvy. V popisovaném případě se jednalo o jednatele daňového subjektu a jeho manželku.

Dle zjištění správce daně byl daňový subjekt dále povinen nejpozději v den podpisu smlouvy předat dodavateli - akciové společnosti A (též provozovateli předmětného daňového skladu) seznam řádně identifikovaných osob oprávněných za daňový subjekt převzít zboží od provozovatele daňového skladu ve prospěch daňového subjektu (seznam řidičů automobilových cisteren) a dále seznam automobilových cisteren a doklad o splnění předpisů normy ADR. Tyto seznamy zplnomocnění skupiny řidičů a vozidel jsou opět nedílnou součástí Smlouvy. Tyto osoby nebyly v žádném pracovně-právním vztahu k daňovému subjektu a rovněž daňový subjekt nevlastnil žádnou ze seznamu jím jmenovaných cisteren k odvozu pohonných hmot z daňového skladu.

Provozovatel daňového skladu jako plátce spotřební daně dle § 4 ZSD je povinen zajistit, aby při uvolnění výrobků do volného daňového oběhu byla uhrazena spotřební daň a tuto sám přiznává a platí. Povinnost daň ve stanovené lhůtě přiznat a zaplatit vzniká okamžikem uvedení výrobků do volného daňového oběhu na daňovém území České republiky – viz § 9 odst.1 ZSD. Spotřební daň provozovatel daňového skladu jako plátce spotřební daně fakturoval daňovému subjektu samostatně na základě zálohových faktur na spotřební daň v okamžiku uvolnění pohonných hmot do volného oběhu.

Výsledkem daňové kontroly bylo zjištění, že daňový subjekt porušil ve zdaňovacích obdobích říjen až prosinec 2008 ustanovení § 36 odst. 3 písm. b) ZDPH s odkazem na § 41 odst.4 ZDPH a nesprávně stanovil základ DPH při prodeji pohonných hmot svému odběrateli v režimu volného daňového oběhu tím, že do základu pro výpočet DPH nezahrnul spotřební daň zaplacenou při vyskladnění vybraných výrobků provozovateli daňového skladu a tím nesprávně stanovil výši DPH u všech vystavených daňových dokladů za dodání pohonných hmot svému odběrateli a fakturoval na samostatném řádku faktury spotřební daň s uvedením 0,- Kč DPH.

Na základě daňové kontroly byla společnosti dodatečně vyměřena DPH v celkové výši 336,874.790,- Kč.