Daňový subjekt se v kontrolovaných zdaňovacích období zabýval činností realitních makléřů, zprostředkováním prodeje různých finančních produktů (pojištění, půjčky), pořádáním školení realitních makléřů a ubytovací a stravovací činností.

Daňovou kontrolou daně z příjmů právnických osob bylo z předloženého účetnictví zjištěno, že daňový subjekt evidoval na účtu dlouhodobého finančního majetku 069 dluhopisy. Jednalo se o diskontované státní dluhopisy se splatností 20 let vztahující se k „projektu ABC“, v rámci kterého byla na jedné straně poskytnuta fyzickými osobami kontrolované společnosti půjčka ve výši cca 60 tis. Kč na 20 let a na straně druhé byly kontrolovanou společností fyzické osobě převedeny 2 ks cenných papírů na účet cenných papírů vedený na jméno fyzické osoby jako zajištění půjčky. Daňový subjekt v kontrolovaných zdaňovacích období zaúčtoval do výnosů úroky z držení těchto cenných papírů za oba kontrolované roky ve výši cca 13,5 mil. Kč celkem.

Správce daně zjišťoval daňovou kontrolou skutečné množství dluhopisů daňového subjektu prostřednictvím obchodníků s cennými papíry a tímto bylo zjištěno, že skutečné množství cenných papírů je vyšší, než-li množství evidované v účetnictví daňového subjektu. Správcem daně byl proveden výpočet úroků z takto zjištěných dluhopisů a bylo zjištěno, že celková správná částka výnosových úroků činí za obě kontrolovaná zdaňovací období cca 17,7 mil. Kč celkem. Proto byl daňový subjekt vyzván, aby předložil evidenci veškerých dluhopisů pořízených v období odpovídající době trvání projektu ABC a aby prokázal, že výnosové úroky ve výši cca 17,7 mil. Kč celkem z držby cenných papírů byly řádně zahrnuty do základu daně v obou zdaňovacích obdobích v souladu s § 23 odst. 1 zákona o daních z příjmů.

Daňový subjekt v rámci důkazního řízení předložil správci daně pouze evidenci nákupu dluhopisů, která však byla odlišná od částek zaúčtovaných na účtech 069, tedy nepřeložil důkaz o tom, že úrokové výnosy ve výši cca 17,7 mil.Kč byly řádně zahrnuty do základu daně podle § 23 odst. 1 zákona o daních z příjmů za kontrolovaná zdaňovací období, do výnosů byla daňovým subjektem zahrnuta částka pouze ve výši 13,5 mil.Kč.

Na základě uvedených skutečností daňový subjekt neprokázal, že výnosové úroky z držby dluhových cenných papírů za kontrolovaná zdaňovací období ve výši cca 4,2 mil. Kč, tedy ve výši rozdílu mezi částkou úrokových výnosů zaúčtovanou daňovým subjektem na účtu 662.030 (cca 13,5 mil. Kč) a částkou úrokových výnosů vypočtenou správcem daně z podkladů získaných od obchodníků s cennými papíry (cca 17,7 mil. Kč) byly zahrnuty do základu daně podle § 23 odst. 1 zákona o daních z příjmů.

Na základě výše uvedených skutečností byla správcem daně doměřena daň z příjmů právnických osob za kontrolovaná zdaňovací období v celkové výši cca 1 mil. Kč.

Vzhledem k těmto zjištěním byla zahájena daňová kontrola i na následující zdaňovací období.